ダーウィンは自然選択によって進化が緩やかに連続的に起こるとしましたが、どのようにしてそうなるのかは全く証明できていませんでした。ダーウィンの進化論によるとあらゆる動植物の間に中間型のものがあるはずでしたが自然界をみても、化石を調べても、そのようなものは何一つ発見できないからです。
さて、メンデルの遺伝学が発展し、１９０３年「遺伝子」と言う用語をはじめて用いた植物学者のデンマークのＷ・Ｌ・ヨハンセンは「個体群および純系における遺伝性」という本を出版しました。
彼は､インゲンマメの種子の変異について研究しました｡市販のインゲンマメの種子を重さによって選択し、グループに分け､これを別々にまいて得られる種子の変異を調べました｡その結果､それぞれのグループに分離した変異が得られました｡しかし､それぞれのグループの中で自家受精を繰り返していくと､得られた種子の変異には選択の効果があらわれなくなったのです。このように、豆の重量の増減は遺伝とは関係なく単に環境（環境変異）によるものであることが証明されました。
このように、ダーウィンは自然選択によって新しい種が生み出されるとしましたが、実際はヨハンセンがしたように人為的に選択した実験によってもインゲンマメがなにか別の植物になるようなことは無く、形質は環境によって変異はするものの、遺伝は種を保存する方向に働くことが証明されたのでした。
動物や植物が繁殖を繰り返して行くうちに、形や性質が徐々に変化して行くことは決して進化ではないのです。１６２０年に、ピューリタンと呼ばれる人々がメイフラワー号に乗ってイギリスからアメリカ新大陸にやって来ました。その中のひとりが、イギリス本土のソングスパローと呼ばれる一対の小鳥を籠に入れて持ってきました。その時にはアメリカ大陸にはソングスパローはいなかったのです。その小鳥が空に放たれました。現在、アメリカ大陸にはカナダの北部から、暑いメキシコの南部に至るまでその小鳥が見当たるのです。しかし、カナダ北部のソングスパローとメキシコ南部のソングスパローが同じ種に属しているとは見えないほど姿が変わってしまったのです。しかし、これは進化ではありません。その小鳥はもともと色々な環境に適応する遺伝的能力を持っていたのです。それで、寒冷地に適した性質を親からもらった小鳥が寒いところを選び、暑さを好む性質をもらった小鳥が暑いところを選んだのです。外側がどのように変わっても、種は変われないのです。
このように、同じ種内の遺伝的な多くの変化形はあります。だからと言って、それがある種の動物が別の種の動物になったことを意味しないのです。