比較解剖学とは互いに関係のない種の間のからだの構造を調査比較する学問です。右の図に従えば研究者はサンショウウオ、ワニ、ヒト、トリ、コウモリ、ウマといった互いに関係のない種の骨格や筋肉、神経などを注意深く調べます。研究者は空に住むものから水中にすむものまで多数の動物を調べ、その構造の根底となる一般的仕組みを発見します。
そのようにして、多くの動物の設計がとてもよく似ていることを知った研究者は、もし彼が進化論者なら「このように動物の設計が似ていることは、同じひとつの先祖から進化した証拠です。」と言うのです。しかし、もし彼が創造論者ならば「このように動物の設計が似ているのは、これらを創造されたお方が唯一であることを証明している。」と言うのです。これは調査の結果に対する解釈の問題であるのです。人間は先入観として教え込まれた見方で物事を見てしまうくせがあります。このことはよくよく注意しなくてはならないことです。比較解剖学自体は純粋に「複数の生物種の構造を比較することから、それらに共通する一般的で重要な事項を考察する学問」なのです。ですからそれ自体で進化を証明することはしません。
岡田益吉先生は「生物の親類関係は、化石からだけではなく現在の生物のからだの特徴からも知ることができます。」と言いますが、何の根拠も無いのです。また、似ているからと言って親類関係だと言う考え方には無理があります。極端な話ですが人間でも顔が猿に似ている者もいますし、またある者はウマ似ている者もいるかもしれません。それでは猿に似ている者は猿系の人間、ウマに似ている者はウマ系の人間とでも言うのでしょうか。実際、進化論者が比較解剖学に基づく進化の論証にしたがって進化の系統樹を作成しようとするとき、あるひとつの動物が余りにもいろいろな動物の特徴を持っているために分類することが困難になっているのです。
私たちは芸術的な作品を見たときにその作者の意図を感じ取るものです。ある絵画の芸術家を例に考えて見ましょう。彼が駆け出しの頃に書いた作品と晩年に書いた作品の間にはいろいろな意味で差があるでしょう。もちろん彼は技術的に進歩するでしょう(多くの人々が進歩と進化をごちゃ混ぜにしていますが）。しかし、同じ芸術家が描いたものであるならそこには共通の意匠があるのです。動物の類似性は真のデザイナーであられる天地の創造主が全ての生き物の基本構造をお決めになられたことを示しているのです。