鳥類の飛ぶ能力も、翼のない爬虫類から、進化によって徐々に獲得されたものである、と進化論者は主張しますが、それも実際には不可能です。
爬虫類と鳥類の中間の生物がいたとします。その生物には中途半端な翼があったはずです。その翼では空を飛ぶことができず、地上を走るためには不便であり、そしてもしそのような動物が地上を走っていたならば、脚が発達し、骨が丈夫になり、筋肉も強くなったはずです。すると脚が重くなり飛ぶには邪魔になるのです。トカゲと空を飛ぶ鳥との中間を考えてください。翼は未だ空を飛ぶには十分に大きくなく、脚が退化して身を守るために速く走ることができなくなっているような生物が、生き残ることができるでしょうか。それはできないのです。ですから爬虫類は鳥類には進化できないのです。
進化論者は爬虫類から鳥類への中間型であった生き物として始祖鳥をあげています。始祖鳥は、翼、現代の鳥と同じ羽毛、鳥に似た頭蓋と、枝に止まれる脚を持っていたが、爬虫類としての特徴もたくさんあり、もし羽毛が無かったら爬虫類として分類されていたと、多くの進化論者は言っています。右にある大英博物館にある化石は多くの点で捏造品として疑惑をもたれていますが仮にそれを本物として認めるにしてもその特徴は爬虫類と鳥類のギャップを埋めるようなものではありません。
この始祖鳥は恐竜のコエルロサウルスから進化したとされていますが、始祖鳥に見られるようなＶ字の癒合鎖骨（これは鳥の特徴）は多くの恐竜には無くその説には無理があるとされています。
始祖鳥の胸骨は平らで、これは爬虫類の特徴とも言われているものです。しかし、完全に鳥に属するダチョウやエミューの胸骨もまさに、このようになっているのです。始祖鳥はかぎづめをもっていて、それは爬虫類の特徴を示すものと思われていましたが、今日でもダチョウを含め２、３の鳥のひなもかぎづめを持っているのです。また、今日生きている鳥の中にもアマゾン流域に住んでいるツメバケイ（ホアチン）は、多くの点で始祖鳥に似ているのです。
このように、始祖鳥は爬虫類から鳥への進化の途上にある生物ではなく、それはちょっと変わった鳥の一種に過ぎないのです。